使用Jupyter Lab#

Jupyter Lab通过AIP调度以作业的形式运行。

启动Jupyter Lab#

指定jupyter可执行文件路径， 提交作业：

JUPYTER_PATH=/share/apps/python/bin/jupyter csub jupyterjob

命令输出:

Job 5363 has been submitted to the default queue [medium].

获取URL：

cread

命令输出:

Messages posted to jobID 5363
POST_TIME: Oct 21 22:20:20  MESSAGE: /ajj/192.168.10.10/16332/lab?token=f977ed7222b68285e35cbe0334bb22e222f94efd0ecae56c

在浏览其中输入SkyForm应用平台服务的IP地址或者AIP Web门户的IP地址，加上上面获得的URL字串：例子：

https://10.102.0.11/ajj/192.168.10.10/16332/lab?token=f977ed7222b68285e35cbe0334bb22e222f94efd0ecae56c

在Singularity容器里启动Jupyter Lab#

除了指定jupyter可执行文件路径，指定singularity运行前缀。例子：

export JUPYTER_PATH=/share/apps/python/bin/jupyter
export CONTAINER_PREFIX=singularity run --pid -B /opt,/lib64,/usr,/share,/etc/profile.d --env PATH=/usr/bin:/opt/skyformai/bin /share/apps/containers/rocky8.sif
csub jupyterjob

以上例子中，jupyterlab在镜像为rocky8.sif的Singularity容器中运行。

切换成中文#

Settings > Language > Chinese (Simplified, China)

点击蓝色按键“Change and Reload”。

安装Python库#

由于系统中有多个Python版本，务必确认要在哪个版本的Python环境中安装Python库。用conda命令切换环境。

Jupyter内Python 3 (ipykernel)的环境：

conda activate /share/apps/python
pip install ...

安装Julia内核#

系统中已经安装了Julia的一个版本，路径为/share/apps/julia-1.x.x/bin/julia，如果需要使用其他版本的Julia，可以下载后解压到自己的HOME下。

在Jupyter里的启动页里点击“终端”图标打开命令行终端，设置jupyter运行路径，然后运行julia。例子：

export PATH=/share/apps/python/bin:$PATH
/share/apps/julia-1.9.3/bin/julia

安装内核：

julia> import Pkg
julia> Pkg.build("IJulia")
julia> Pkg.add("IJulia")

检查启动页上的Julia内核图标

安装其他Anaconda部署的Python内核#

例子：用Anaconda部署一个Python 3.11的版本，把内核插入到Jupyter。

  • 在Jupyter里启动页里点击“终端”图标打开命令行终端，然后运行conda命令：

    conda create -p $HOME/python3.11 python=3.11
conda activate $HOME/python3.11
pip3 install ipykernel
python -m ipykernel install --prefix $HOME/python3.11

  • 把内核移动到缺省位置：

    mv $HOME/python3.11/share/jupyter/kernels/python3 $HOME/.local/share/jupyter/kernels/python311

  • 编辑内核定义文件，以区分与已有Python 3.9内核：

    vi $HOME/.local/share/jupyter/kernels/python311/kernel.json

    修改第9行

    "display_name": "Python 3.11",

  • 用浏览器刷新一下Jupyter页面，启动页就有了Python 3.11的图标。

    备注

    若要在这个环境中安装Python库，务必先运行：conda activate $HOME/python3.11，然后再运行pip install

    这个方法可用于安装其他内核。关键点:

    1. 在conda环境中安装好的内核必须移到缺省目录下$HOME/.local/share/jupyter/kernels

    2. 由于Jupyter启动内核时没有conda环境，kernels.json里的环境变量和可执行文件路径需要增加或修改

    3. 若在Jupyter里内核启动或使用失败，可以查看Jupyter日志：$HOME/.jupyter/sessionjupyterjob作业号.log

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